一、國際期刊論文
1. Chang, C. C., J. F. Huang, S. Christian., J. M. Lee and L. M. Ho (2020) Impacts of culture survival rate on culture cost and input factors： Case study of the hard clam (Meretrix meretrix) culture in Yunlin County, Taiwan. Journal of the World Aquaculture Society. 51：139-158. (SCI) DOI：10.1111/jwas.12668.
2. Yeh, C. Y., J. F. Huang, J. M. Lee and S. Christian (2017) An economic analysis of hard clam ( Meretrix meretrix ) farmer polyculture with milkfish ( Chanos chanos ), silver sea bream ( Rhabdosargus sarba ), and shrimps at different hard clam stocking densities : a case study of Yunlin County, Taiwan. Aquacult. Int. 25: 1039-1055. DOI 10.1007/s10499-016-0094-x. (SCI)
3. Huang, J.F., M. T. Chou, J. M. Lee and Y. H. Cheng (2016) Effects of Culture Area, Stocking Density, and Shrimp and Fish Polyculture on the Cost Efficiency of Hard Clam, Meretrix meretrix, Culture: A Case Study of Hard Clam Farms in Yunlin, Taiwan. Journal of the World Aquaculture Society. DOI:10.1111/jwas.12289. (SCI)
4. Ho, L. M., J. F. Huang and J. M. Lee (2016) The effects of price changes on oyster farmers in Changhua County, Taiwan, who cultivate oysters at low and high densities. Aquacult Int. 24:623-635. DOI 10.1007/s10499-015-9952-1. (SCI)
5. Koch, M. Z. Ďuriš, J. F. Huang and T. Y. Chan (2014) First report of the swimming crab Ovalipes iridescens (Miers, 1886) (Brachyura, Portunidae) from Taiwan. Crustaceana 87 (14) 1640-1647. (SCI)
6. Huang, J. F. and J. M. Lee (20143) Production economics and profitability analysis of horizontal rack culture and horizontal rack culture coupled with raft-string culture methods : a case study of Pacific Oyster ( Crassostrea gigas ) farming in Chiayi and Yunlin counties, Taiwan. Aquacult Int. 22:1131-1147. DOI 10.1007/ 10499- 013- 9733-7. (SCI)
7. Huang, J. F. , J. M. Lee and P. C. Sun (2013) Prolonged culture period on production cost and factor input: a case from the Pacific Oyster, Crassostrea gigas, farming industry in Yunlin county, Taiwan. Journa of the world Aquaculture society. 44(6):795-804. (SCI)
8. Hsueh, P.-W., J.-F. Huang, and P. K.L. Ng. (2009). On a new genus and new species of pilumnid crab from Taiwan, and the generic placements of Heteropanope changensis (Rathbun, 1909) and Pilumnopeus pereiodontus Davie & Ghani, 1993 (Crustacea: Decapoda: Brachyura). Journal of Natural History. 43(5-8):323-334. (SCI)
9. Hsueh, P.-W., N. K. Ng, and J.-F. Huang (2009). New records of Pilumnid and Xanthid crabs from rocky coasts of Taiwan. Crustaceana 82(8)：1023-1028. (SCI)
10. Huang, J. F. and P. W. Hsueh (2006) On new of Haptosquilla glyptocerus (Wood –Mason, 1875) (Stomatopoda: Protosquillidae) from Taiwan. Endemic species research 8:(2) 97-101. (SCI)
11. Yeh, T. Y., P. W. Hsueh., and J. F. Huang (2006) On new record of three majid crabs (Decapoda, Brachyura) from Taiwan. Crustaceana 79(6)：699-705. (SCI)
12. Chen, C. T. A., B. J. Wang., J. F. Huang., J. Y. Lou., F. W. Kuo., Y. Y. Tu., and H. S. Tsai (2005) Investigation into extremely acidic hydrothermal fluids off Kueishan Tao, Taiwan, China. Acta Oceanlolgica Sinica 24(1):125-133.
13. Huang, J. F., P. W. Hsueh and P. K. L. Ng (2002) Crabs of the family Hexapodidae (Decapoda: Brachyura) from Taiwan, with description of a new genus and new species. J. Crust. Biol. 22(3): 651-660. (SCI)
14. Hsueh, P. W. and J. F. Huang (2002) Crabs of the family Goneplacidae (Decapoda, Brachyura) from Taiwan. Crustaceana 75(2):111-136. (SCI)
15. Ng, P. K. L. and J. F. Huang (2002) The Indo-Pacific Pilumnidae XV. on two rare species of Rhizopinae (Decapoda, Brachyura) from Taiwan. Crustaceana 74(11): 1379-1385. (SCI)
16. Ng, N. K., J. F. Huang and P. H. Ho (2000) Description of a new species of hydrothermal crab, Xenograpsus testudinatus (Crustacea： Decapoda： Brachyura：Grapsidae) from Taiwan. National Taiwan Museum Special Publication Series 10：191-199.
17. Tan, S. H., J. F. Huang and P. K. L. Ng (2000) The deep-water crabs of the families Homolidae and Latreillidae (Crustacea： Decapoda： Brachyura) from Taiwan. National Taiwan Museum Special Publication Series 10：181-189.
18. Tan, S. H., S. H. Wu and J. F. Huang (2000) Seven new records of marine crabs from Taiwan (Crustacea： Decapoda： Brachyura：Calappidae, Leucosiidae and Cancridae). National Taiwan Museum Special Publication Series 10：141-147.
19. Tan, S. H. and J. F. Huang (2000) Description of a new species of Tymolus (Crustacea： Decapoda： Brachyura： Cyclodorippidae) from Taiwan. National Taiwan Museum Special Publication Series 10：135-140.
20. Tan, S. H., J. F. Huang and P. K. L. Ng (1999) Crabs of the Family Parthenopidae (Crustacea: Decapoda: Brachyura) from Taiwan. Zool. Studies 38(2):196-206.
21. Huang, J. F., S. L. Yang and P.K.L. Ng (1998) Notes on the taxonomy and distribution of two closely related species of ghost crabs, Ocypode sinensis and O. cordimanus (Decapoda, Brachyura, Ocypodidae). Crustaceana 71(8):942-954. (SCI)
22. Hsueh, P. W. and J. F. Huang(1998) Polyonyx Bella, new species (Decapoda: Anomura: Porcellanidae), from Taiwan, with notes on its reproduction and swimming behavior. J. of Crust. Biol. 18(2):332-336. (SCI)
23. Huang, J. F. and J. Lützen(1998) Rhizocephalans (Crustacea: Cirrpedia) from Taiwan. Natural History 32(9):1319-1337. (SCI)
24. Huang, J. F. and P. W. Hsueh(1998) New records of two interesting deep water crabs, Homolochunia gadaletae Guinot and Richer de Forges, 1995(Homolidae) and Rochinia sagamiensis (Gordon,1931) (Majidae) (Crustacea: Decapoda: Brachyura), from Taiwan. Zool. Studies 37(3):222-225. (SCI)
25. Ng, P. K. L. and J. F. Huang (1997) Unrecorded crabs (Crustacea: Decapoda: Brachyura) from Taiwan and Tungsha Islands, with description of a new genus and species of Xanthidae. Zool. Studies 36(4): 261-276. (SCI)
26. Hsueh, P. W. and J. F. Huang (1996) A new record of Pinnotheres bidentatus Sakai, 1939 (Decapoda: Brachyura: Pinnotheridae), from Taiwan. Crustacean Res.25: 54-58.
27. Hsueh, P. W. and J. F. Huang (1996) A new record of Clistocoeloma sinensis Shen,1933 from Taiwan (Crustacea: Decapoda: Brachyura: Grapsidae: Searminae), with notes on its distribution and ecology. Crustaceana 69(1): 63-70. (SCI)
28. Tan, C. G. S. and J. F. Huang (1995) Baruna sinensis, a new Camptandrine crab from Taiwan (Crustacea: Decapoda: Brachyura) Ocypodidae. Raffles Bull. Zool. 43(2): 447- 452.
29. Huang, J. F., H. P. Yu and M. Takeda, (1992) A review of the Ocypodid and Mictyrid crabs (Crustacea: Decapoda: Brachyura) in Taiwan. Bull. Inst. Zool., Academia Sinica 31(3):141-161.
30. Huang, J. F., H. P. YU and M. Takeda (1990) Occurrence of the giant spider crab, Macrocheira kaempferi (Temminck, 1836)(Crustacea: Decapoda: Majidae) in Taiwan. Bull. Inst. Zool., Academia Sinica (29)3:207-212.
31. Huang, J. F., H. P. YU and M. Takeda (1989) Fiddler crabs (Crustacea: Decapoda: Ocypodidae) of Taiwan. Bull. Inst. Zool., Academia Sinica 28(3): 191-209.
32. Huang, J. F., Y. S. Chan, Y. Wong, P. H. Ho and H. P. Yu (1988) Biology of the spiny lobster Panulirus longipes (A. Milne Edwards) in the coastal waters of northern Taiwan. J. Fish. Soci. Taiwan 15(1): 1-10
二、國內期刊論文
1. 黃榮富、陳秋雲、許碧瑜 (2021) 雲林沿海底泥重金屬之來源與分布分析。海洋及水下科技。31(1):80-90.
2. 黃榮富、黃清龍 (2019) 金門縣週遭海域大黃魚生物學調查及遺傳多樣性。海洋及水下科技。29(4):33-36.
3. Huang, J. F., W. D. Chiou, P.Y. Hsu, H.S. Tsai, C. P. Lee and C. T. Wu (2013) Fish Assemblage Composition of Coral Reefs and Commercial Fisheries in the Coastal Waters Adjacent to The Third Nuclear Power Plant of Southern Taiwan;Monthly Journal of Taipower’s Engineering, 780, 72-79. (in Chinese with English abstract).
4. 古佳惠、陳淑美、賴弘智、黃榮富 (2013) 避免高經濟價值外來種危及生態-淺談臺灣外來種螯蝦。海洋高雄。36: 24-26.
4. 楊天成、黃榮富 (2012) 臺灣西南海域牡蠣養殖現況分析。水產種苗。176：7-14.
5. 黃榮富 (2011) ECFA簽訂後兩岸之漁業合作。漁友399：27-29.
6. 黃榮富 (2011) 高雄市沿岸漁業資源和諧利用。海洋高雄期刊。31:11-16.
7. 黃榮富 (2010) 螃蟹的部落格(3)—臺灣的進口螃蟹。海洋及水下科技。20 (1)：55-60.
8. 黃榮富 (2009) 螃蟹部落格(二)。海洋及水下科技。19(3)：29-33.
9. 黃榮富 (2009) 螃蟹部落格(一)。海洋及水下科技。19(1)：61-64.
10. 黃榮富 (2006) 蟹類養殖與進口管制。海洋高雄期刊。11:26-29.
11. Chen, C. T., B. J. Wang., J. F. Huang., and Y. Y. Tu (2004) Impacts of Hydrothermal Systems off Kueishantao on Surrounding Waters. Monthly J. Taipower’s Engineering 676: 92-115. (In Chinese)
12. Huang, J. F., Y. Y. Tu, H. S. Tsai and D. C. Young (2003) Studies on fish fauna of coral reefs adjacent to the nuclear power plant in southern Taiwan. Monthly J. Taipower’s Engineering 654: 95-109. (In Chinese)
13. Pan C. H., J. F. Huang and B. Y. Yang. (1999) Effect on host Portunus sanguinolentus parasitized by Diplothylacus sinensis (Cirripedia Rhizocephala) in the coastal waters of Southwest Taiwan. Rep. NKIMT 14: 67-91. (In Chinese)
14. Lai S. H., J. F. Huang and L. S. Fang (1997) Crab fauna of Kaohsiung Harbor, southwestern Taiwan. Ann. Taiwan Mus. 40:225-240. (In Chinese)
三、國際研討會論文
1.黃榮富、黃清龍、黃胤唐 (2018) 區域性文蛤養殖健康風險管理。台閩水產養殖及食品安全研討會。2018/07/07福建廈門。
2.Jheng-Jhang Li, Ya-Ling Chang and Jung-Fu Huang (2012) Six new reports of Sesarmid crabs from Taiwan, including a new species of Parasesarma De Man, 1895 (Decapoda: Brachyura: Sesarmidae), 4th國際海洋生物及生物科技研討會-海洋中的奧祕, 2012/9/20/-2012/9/22, 屏東, 中華民國.
3. 黃榮富、楊天成 (2012) 台灣西南海域牡蠣養殖現況。 2012海峽兩岸水產養殖與種業學術研討會。 2012/9/16/ 福建省福州市 大陸地區。
4. 黃榮富、張寶仁、許碧瑜 (2011) 中國鱟(Tachypleus tridentatus)幼體在金門海域資源量之評估, 第二屆海峽兩岸海洋海事大學藍海策略校長論壇暨海洋科學與人文研討會, 2011/9/22-2011/9/23, 青島, CHN.
5. 黃榮富 (2010) 以「媽祖魚」保育為例展開兩岸漁業合作。 2010海峽兩岸漁業經濟合作與發展論壇。 福建省福州市P.45-49。
6. Huang, J. F. and C. T. Chen (2009) Yellow smokers and hydrothermal vent crabs off Taiwan. International symposium on ecosystem-based fishery management. P10.
7. 李政璋、黃榮富、張文柄 (2008) 馬祖新紀錄扇蟹類。2008國際台灣物種多樣性研究現況研討會論文集。P:254.
8. 李政璋、黃榮富、張文柄 (2008) 台灣新紀錄之平額厚紋蟹及其大眼幼體記述。2008國際台灣物種多樣性研究現況研討會論文集。P:253.
9. 李政璋、黃榮富、張文柄 (2008) 台灣地蟹科蟹類及其幼苗分類研究。2008國際台灣物種多樣性研究現況研討會論文集。P:252.
四、國內研討會論文
1.黃榮富、李國榕、許碧瑜及林馥萱 (2020) 亞潮帶大型底棲生物群聚組成與底質環境相關性初探-以雲林麥寮海域為例。第十一屆台灣濕地生態系研討會。第59.頁。
2. 黃榮富、彭晟榕、許碧瑜、黃榮富 (2019) 分析雲林麥寮附近海域水質與浮游生物豐度關係。2019台灣水產學會學術論文發表會論文摘要集。
3. 賀傳欣、黃榮富 (2019) 雲林麥寮沿海沉積物PAH之檢測與潛在生物毒性評估。2019台灣水產學會學術論文發表會論文摘要集。
4. 黃亭捷、黃胤唐、黃榮富 (2017) 製備及應用二氧化氯處理養殖池中常在病原菌。2017台灣水產學會學術論文發表會論文摘要集。
5. 洪明昌、鄭秋敏、黃榮富、邱國勛、吳宜展、蔡宗錦 (2017) 雲林地區養殖池底泥污染風險評估。2017環境安全衛生暨消防工程研討會。第116頁。
6. 王菁、黃榮富、黃胤唐 (2015) EM 菌醱酵液對文蛤 (Meretrix lusoria)成長之影響。104年度臺灣水產學會會員大會暨學術論文發表會。150-151頁。
7. 洪才鈞、黃榮富、黃胤唐 (2015) 雙價疫苗的開發與應用以鏈球菌與神經壞死病毒為例。104年度臺灣水產學會會員大會暨學術論文發表會。63-64頁。
8. 鄭詠心、黃榮富、李家銘 (2014) 臺灣雲林地區文蛤混合養殖之生產效率分析。103年度臺灣水產學會會員大會暨學術論文發表會。118頁。
9. 林子皓、黃榮富 (2014) 雲林地區文蛤養殖池水色與浮游植物群聚組成之研究。103年度臺灣水產學會會員大會暨學術論文發表會。106頁。
10. 黃寬哲、黃榮富 (2013) 中華蚶豆蟹對台灣西南海域養殖牡蠣的影響。2013台灣水產學會學術論文發表會。P53.
11. 林佳曦、黃榮富、林啟燦(2012)利用河口域蟹類作為重金屬汙染指標生物之可行性評估。2012台灣水產學會暨學術論文發表會。P64.
12. 張寶仁、吳金鎮、黃榮富 (2012) 金門縣古寧頭保育區及浯江溪口潮間帶三棘鱟稚鱟資源調查研究。2012台灣水產學會暨學術論文發表會。P22.
13. 黃榮富 (2011) 港灣工程對海洋生物多樣性之影響, 南星計畫中程第八期環境品質監測研討會。
14. 楊天成、黃榮富 (2011) 台灣西南海域之牡蠣成長研究, 2011台灣水產學會學術論文發表會。
15. 周偉融、張佳祥、黃榮富、方力行 (2011) 以結構方程式解析河川對安平漁港及其鄰近海域表層生態系之影響, 中華民國環境工程學會2011環境資訊研討會。
16. 黃榮富、許碧瑜、林佳曦 (2010) 金門縣稚鱟資源調查研究。2010台灣水產學會學術論文發表會。P40.
17. 黃榮富、陳佳稜 (2010) 台灣絲藻目之研究。2010台灣水產學會學術論文發表會。P76.
18. 黃榮富、陳孟仙、許碧瑜 (2010) 雲林海域桁桿式蝦拖網漁獲生物種類組成之時序變化, 海岸開發行為經濟與環保並重-雲林離島式基礎工業區環境監測成果研討會, 台南市。
19. 黃榮富、許碧瑜 (2007) 入侵高雄澄清湖的四脊滑螫蝦 (Cherax quadricarinatus) 生物學研究。2007台灣水產學會學術論文發表會論文摘要集。p:217.
20. 李政璋、黃榮富、張文柄 (2007) 馬祖列島潮間帶蟹類。2007台灣水產學會學術論文發表會論文摘要集。p:208.
21. 李政璋、黃榮富、張文柄 (2007) 台灣產六種地蟹科蟹類及其第一期蚤狀幼體型態研究。2007台灣水產學會學術論文發表會論文摘要集。p:208.
22. 黃榮富、陳奕樺。陳哲聰 (2007) 小琉球潮間帶貝類研究。2007台灣水產學會學術論文發表會論文摘要集。p:91.
23. 黃榮富、謝承叡、陳哲聰(2007)小琉球潮間帶甲殼類生物多樣性。2007台灣水產學會學術論文發表會論文摘要集。p:90.
24. 黃榮富、許碧瑜(2007)雲林海域甲殼十足目生物資源調查研究。2007台灣水產學會學術論文發表會論文摘要集。p:66.
五、專書
1.黃榮富、邱萬敦、葉信平、鄭有恭、廖秀庭、李培全、劉美智、林瑞智、熊代勛、洪鵬飛、闕銘洲、陳光烈及蕭承胤 (2020) 水產概要(第三版)，2016.6.30修訂。教育部108年10月23日臺教授國字第1080119769號函。
2.黃榮富編著 (2020) 水產生物實務(實務學習手冊)。教育部109年6月16日臺教授國字第1090069874A號函。
3.黃榮富編著 (2020) 水產生物實務。教育部109年6月16日臺教授國字第1090069874A號函。
4. 黃榮富編著 (2020) 經濟性魚蝦養殖實習：教育部109年6月15日臺教授國字第1090068100A號函。
5. 黃榮富、郭曜任、蔡賢築、董倫如、王欣芳、張美香、吳淑美、劉美智、游育霖(2020)觀賞水族養殖實習。教育部108年10月23日臺教授國字第1080119769號函。
6. 黃榮富主編、邱萬敦、陳朝清、鄭文騰、蔡永祥、黃清龍、黃胤唐、蔡志明、李家銘及劉鐘麟(2019)水產概論(二版)。華格那企業有限公司。ISBN 978- 986- 362- 582- 7。
7. 楊慶煜主編、黃榮富、郭建民、蔡志明、陳琮明、黃俊勇、洪心怡、劉仁銘、吳建輝及李進傑(2018)漁業推廣專輯-烏魚特輯電子版第4輯。國立高雄科技大學漁業推廣委員會。
8. 黃榮富主編、邱萬敦、瞿大維、鄭安倉、黃清龍、蔡永祥、郭建民(2017)漁業推廣專輯-文蛤養殖電子版第3輯。國立高雄科技大學漁業推廣委員會。
9. 黃寬哲、黃榮富、蔡永祥、邱萬敦、郭建民、鄭安倉、黃清龍(2016)漁業推廣專輯-水母特輯電子版第2輯。國立高雄科技大學漁業推廣委員會。
10. 黃榮富主編、黃俊勇、王志源、余文青、陳明宗、林郁茹、陳坤地、黃淑玲、許煌龍(2014)食品加工實習。台北。五南圖書出版股份有限公司。ISBN 978- 957- 11- 7662- 8。
11. 黃榮富主編、黃俊勇、陳明宗、蔡雅紋、許毓芬、余文青、王源勳、林郁茹、林怡伶、謝欣瑜(2014)水產加工實習。台北。五南圖書出版股份有限公司。ISBN 978- 957- 11- 7661- 1。
12.黃榮富主編(2013)螃蟹繁養殖.專刊XVII。高雄。中華民國水產種苗協會。ISBN 978- 986- 90302- 5- 5。
13.黃榮富、潘志弘、郭素芬、林文文及蔡美玲 (2010) 生物學實驗。藝軒圖書出版社。111.pp.
14. Huang, J. F. (2010) On a new species, Oreophorus holthuisi sp. nov. (Decapoda, Brachyura, Leucosiidae),from the Indian Ocean. Crustaceana Monographs,14.333-342.
15. Li, J.-J., J.-F. Huang, and W.-B. Chang (2008) Taxonomy on Gecarcinid crabs (Crustacea, Decapoda, Brachyura) and its larvae from Taiwan. 2008 Taiwan species diversity I. research and status. 215-227.
16. Li, J.-J., J.-F. Huang, and W.-B. Chang (2008) New records of Xanthoid crabs (Crustacea, Decapoda, Brachyura) from Matzu Archipelagos. 2008 Taiwan species diversity I. research and status.209-213.
17. Li, J.-J., J.-F. Huang, and W.-B. Chang (2008) Note on the new record Graposid crabs, Pachygrapsus planifrons de man, 1888, (Decapoda, Brachyura, Grapsidae) from Taiwan with Megalopal Description. 2008 Taiwan species diversity I. research and status.203-207.
18. 潘志弘、劉國閔、黃榮富 (2000) 臺灣觀賞魚。農委會。共171頁。
19. 黃榮富、吳金鎮、王啟銘、歐慶賢、歐錫祺 (1998) 兩岸常用水產生物名稱對照表。農委會。共94頁。
20. 黃榮富、游祥平 (1997) 台灣產梭子蟹類彩色圖鑑。海洋生物博物館籌備處。共181 頁。 (2001二刷)
21. 黃榮富、何平合、游祥平 (1993) 澳洲產帝王蟹進軍台灣消費市場。中國水產，485:15-18。
22. 黃榮富、游祥平 (1988) 蟹類漫談。中國水產，428: 3-9。
六、專利
1. 黃胤唐、黃亭捷、黃榮富。處理養殖池水體中之微生物的方法。發明專利I705940。2020/10/1 ~ 2039/08/04。
2. 張騏晟、黃榮富、李家銘。冷凍冷藏空調設備調節系統。新型專利M585330。2019/10/21 ~ 2029/05/20。
3. 張騏晟、黃榮富、李家銘。包冰機。新型專利M585050。2019/10/21 ~ 2029/05/20。
4. 張騏晟、黃榮富、李家銘。具循環過濾功能的雙殼貝類清洗機。新型專利M585048。2019/10/21 ~ 2029/05/20。
5. 張騏晟、黃榮富、李家銘。雙殼貝類清洗機。新型專利M585049。2019/10/21 ~ 2029/05/20。
