本系(科)創設於民國七十七年，立系(科)於旗津校區

初設專科部五年制水產養殖科日間部一班招生50名，翌年再設立進修部二年制水產養殖科一班。民國79年遷系至楠梓校區大信樓2樓，民國81年再遷至現址之樂群樓。民國82年增設二年制日間部一班。民國87年隨學校升格技術學院，改制為水產養殖系，增設二年制技術系日間部一班。民國88年起接受僑委會委託開設第廿一期海外青年技術訓練班水產養殖科，主要招收東南亞華僑子弟予以2年之訓練後授予畢(結)業證書。

民國89年以換班之方式，增設四年制技術系日間部一班，並逐年停招二年制專科部與二年制技術系日間部。民國90年設進修部四年制技術系，並停招進修部二年制專科部。民國92四年制技術系增班為二班，並停招五年制專科部，民國97年成立研究所。