本系(科)創設於民國七十七年，立系(科)於旗津校區

初設專科部五年制水產養殖科日間部一班招生50名，翌年再設立進修部二年制水產養殖科一班。民國七十九年遷系至楠梓校區大信樓二樓，民國八十一年再遷至現址之樂群樓。民國八十二年增設二年制日間部一班。民國八十七年隨學校升格技術學院，改制為水產養殖系，增設二年制技術系日間部一班。民國八十八年起接受僑委會委託開設第廿一期海外青年技術訓練班水產養殖科，主要招收東南亞華僑子弟予以2年之訓練後授予畢(結)業證書。

民國八十九年以換班之方式，增設四年制技術系日間部一班，並逐年停招二年制專科部與二年制技術系日間部。民國九十年設進修部四年制技術系，並停招進修部二年制專科部。民國九十二年四年制技術系增班為二班，並停招五年制專科部，民國九十七年成立研究所。